Carl Ipsen wurde am 25. Februar 1866 in Mediasch geboren, wo er 1884 das Gymnasium mit Auszeichnung als Erster unter seinen Mitschülern absolvierte, um sich dann in Innsbruck, München, Prag und wieder Innsbruck dem Studium der Medizin zu widmen, das er am 2. März 1891 mit seiner Promotion zum Dr. univ. med. in Innsbruck beendigte. 
Von dem Jahre 1888 an war er am gerichtlich medizinischen Institut unter der Leitung Kratters als Assistent tätig. Im Jahre 1892 ging er mit Kratter nach Graz. 
Am 9. März 1894 habilitierte er sich dort für das Fach der gerichtlichen Medizin und im Oktober des gleichen Jahres, kaum 28 Jahre alt, wurde er mit der Leitung des gerichtlich-medizinischen Institutes in Innsbruck betraut. 
1896 wurde er Extraordinarius und Vorstand des seiner Leitung anvertrauten Institutes und 1899 Ordinarius. 
Schon im Jahre 1905/06 wurde er das erstemal Dekan der medizinischen Fakultät. 
Im Jubiläumsjahr 1908/09 berief ihn das Vertrauen seiner Kollegen als Rektor an die Spitze der Universität. 
1911/12 war er wieder Dekan und von 1918 an Mitglied des Akademischen Senats. Uber Berufung des Ministeriums wirkte er von 1909 an als ordentliches Mitglied des 0bersten Sanitätsrates in Wien. 
1919 wurde er Mitglied der ,,Kaiserlich Deutschen Akademie der Naturforscher zu Halle".