Nach der Änderung des Hochschulrahmengesetzes im Jahr 2004 können die Hochschulen nun 60 Prozent der Studienplätze nach eigenen Kriterien in einem eigenständigen Auswahlverfahren besetzen.
Am Auswahlverfahren der Hochschulen nehmen nur diejenigen teil, die nicht in der Abiturbesten-Quote oder nach Wartezeit oder in einer der Vorabquoten zugelassen werden konnten.
Für das Auswahlverfahren der Hochschulen muss man sich nicht gesondert bei den Hochschulen bewerben. Dies geschieht zusammen mit der Bewerbung bei der ZVS. In dem Studienplatzantrag können der ZVS maximal sechs Universitäten genannt werden, an denen die Bewerberin bzw. der Bewerber am Auswahlverfahren teilnehmen möchte. Die ZVS meldet dann diese Kandidaten den jeweiligen Universitäten.

Nur die Bewerber, die Münster auf Platz 1 ihrer Ortswünsche genannt haben, gelangen in das für Münster spezifische Auswahlverfahren.

Theoretisch könnte die Westfälische Wilhelms – Universität nun aus den von der ZVS gemeldeten Kandidaten nach folgenden Kriterien auswählen:

Zwar ist bisher für keines der o.g. Kriterien eine bessere Korrelation zum Studienerfolg nachgewiesen worden, als es die Abiturdurchnittsnote bietet, jedoch wurden in den entsprechenden Studien bisher auch nur die Note des Abschlussexamens und die Studiendauer als Maßstab für ein erfolgreiches Studium angelegt.
Trotzdem fällt es an der WWU Münster schwer bei der enormen Anzahl von 1500 Bewerbern mit Münster als 1. Ortspräferenz auf ca. 70 Studienplätze (Zahlen WS 2007/08) des Hochschulverfahrens andere Auswahlkriterien zu berücksichtigen.
Daher hat sich der Fachbereichsrat der Medizinischen Fakultät der Westf. Wilhelms – Universität dazu entschlossen bis zum Sommersemester 2008 (einschl.) die Abiturdurchschnittsnote als alleiniges Auswahkriterium im Hochschulverfahren zur Anwendung zu bringen.
Dementsprechend wird die von der ZVS geforderte Rangliste in Münster allein nach der Abiturnote gelistet.

Da jeder Kandidat an maximal sechs Auswahlverfahren teilnehmen kann, besteht die Möglichkeit, dass er auch maximal sechs Zulassungsangebote erhalten kann, wenn er bei allen Universitäten auf den oberen Rangplätzen eingestuft worden ist.
Die Ergebnisse der einzelnen Auswahlverfahren der Hochschulen müssen daher bei der ZVS koordiniert werden. Die Universitäten melden ihre Rangfolgen der ZVS, wo sie miteinander verglichen werden. Bei Kandidaten, die nur ein Zulassungsangebot erhalten haben, ist die Sache einfach: Sie werden an dieser Universität zugelassen.

Achtung: Bei den Nachrückern in diesem Sinne besteht seitens der ZVS aufgrund der engen zeitlichen Rahmenbedingungen keine Möglichkeit mehr zur Anfrage nach dem eigentlichen Studienwunsch. Daher werden diese Studienplätze nach der Reihenfolge der Ortswünsche vergeben.