Die Fragenanzahl in den modularen Semesterabschlussklausuren errechnet sich aus der Anzahl der Unterrichtsstunden des Faches in dem jeweiligen Modul. Im 1.-5. klinischen Semester sind das 180 Fragen und im 6. klinischen Semester 150 Fragen. Durch Rundungsfehler bei der Berechnung der Fragenanteile können das schon mal eine oder zwei Fragen weniger sein. Zusätzlich gibt es drei Gründe, die es nötig machen, dass Fragen im Nachhinein eliminiert werden müssen:
Die Elimination fehlerhafter oder missverständlicher Prüfungsfragen aus der Wertung soll nicht zu Nachteilen im Vergleich zu bisher mitgeteilten Prüfungsleistungen führen. Niemand soll durch die Elimination einer Prüfungsfrage schlechter gestellt werden. Dies hat zur Folge, dass für Kandidaten, welche die vermeintlich richtige (vom Autor als Lösung vorgesehene) Antwort auf eine eliminierte Prüfungsfrage gewählt haben, diese Frage auch in der Wertung verbleibt. Dieser Fall wird in der Leistungsübersicht durch den Hinweis "1 Frage[n] durch Nachteilsausgleich berücksichtigt" angezeigt.
In Verbindung mit dem Anstieg der erreichten Punkzahl verschieben sich durch einen Nachteilsausgleich allerdings auch die erreichbare Punktzahl und die davon abhängigen Bestehens- bzw. Notengrenzen. Der Nachteilsausgleich führt wegen der positiven Differenz aus Punktzahlunterschied und Bestehensgrenzenunterschied dennoch zu einem relativen Vorteil. Die erreichte Punktzahl steigt (in Relation zur erreichbaren Punktzahl) stärker als Bestehens- bzw. Notengrenzen.